ศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยเขตห้วยขวาง ประกาศจัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2540 ในนามศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนเขตห้วยขวาง ระยะแรกตั้งสำนักงานชั่วคราวอยู่ที่ ศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนกรุงเทพมหานคร 3 

ต่อมาในปี พ.ศ.2541 จึงได้ย้ายที่ทำการจากศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนกรุงเทพมหานคร 3 มาอยู่ที่สำนักงานเขตห้วยขวาง ชั้น 6 

ต่อมาในปี พ.ศ. 2551 ได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย และเปลี่ยนชื่อสถานศึกษา จากศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนเขตห้วยขวาง เป็น “ศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยเขตห้วยขวาง” สังกัดสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยกรุงเทพมหานคร สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงศึกษาธิการ 

โดยในปี พ.ศ. 2552 สถานศึกษาได้จัดสรรงบประมาณฯ เพื่อเป็นค่าเช่าสำนักงาน จึงได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ที่ เลขที่ 723 หมู่บ้านรัชดานิเวศน์ ถนนประชาอุทิศ แขวงสามเสนนอก เขตห้วยขวาง กรุงเทพมหานคร ในปัจจุบัน